Území CHKO Litovelské Pomoraví je z hlediska ochrany přírodního prostředí rozděleno do čtyř zón odstupňované ochrany. Nejpřísnější režim ochrany má první zóna, nejmírnější zóna čtvrtá. Dnes platná zonace byla schválena v roce 1990.

Zonace je důležitým nástrojem ochrany přírody. Na nejcennějších místech CHKO zajišťuje přísnou ochranu, v okrajových oblastech naopak umožňuje smysluplné využití pozemků a snižuje zbytečnou administrativní zatěž obcím. Hospodářské využívání CHKO se provádí podle zón odstupňované ochrany tak, aby se udržoval a zlepšoval jejich přírodní stav a byly zachovány a vytvářeny optimální ekologické funkce tohoto území. K bližšímu určení způsobu ochrany přírody byly v CHKO Litovelské Pomoraví vymezeny čtyři zóny:

I. zóna

Zde byly zařazeny maloplošně zvláště chráněná území vyhlášená nebo uvažovaná k vyhlášení před vznikem CHKO.

II. zóna

Obsahuje území s významnějšími přírodními hodnotami, zejména přírodě blízké lesy v souvislém komplexu v nivě řeky Moravy a v pahorkatinné části CHKO (Doubrava a Třesín), rozsáhlejší vodní plochy a na ně navazující luční porosty a také hodnotné luční ekosystémy u Nových Zámků a v jihovýchodní části CHKO.

III. zóna

Území, která byla v době vzniku CHKO zemědelsky využívána, ale bez velkých souvislých ploch orné půdy. Do III. zóny jsou zařazeny i některé zastavěné části CHKO /okraje obcí, obce Řimice, Měník).

IV. zóna

Jedná se o souvislá území, ve kterých v době vzniku CHKO převažovala orná půda a souvisle zastavěná území včetně města Litovle.

Zóna

Plocha v ha

% plochy v CHKO

I.

436

4,67

II.

5 582

59,84

III.

1 833

19,65

IV.

1 478

15,84

Celkem

9 329

100

Stávající zonace neodpovídá přírodním hodnotám území, ani současnému pojetí vyzmezování zón v CHKO. Celá řada území, které byly kvůli svým přírodním hodnotám vyhlášeny po roce 1990 jako maloplošně zvláště chráněná území se nachází ve II. zóně CHKO (potenciální přesun do I. zóny). Dále není zohledněno významné zvýšení výměry travních porostů v zaplavovaných částech III. a IV. zóny CHKO (potenciální přesun do II. zóny). Příliš široce je také vymezena IV. zóna CHKO, takže zahrnuje nejen zastavěné území, ale také běžně obhospodařované zemědělské pozemky (potenciální přesun do III. zóny, ve IV. zóně ponechat pouze souvisle zastavěné území a zastavitelné plochy ve smyslu stavebního zákona). Dílčí zastavěná území a zastavitelné plochy jsou zařazeny do III. zóny CHKO – např. Litovel (část), Červenka (část), Pňovice (část), Tři Dvory, Řimice, Měník (potenciální přesun do IV. zóny).